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ChIP-on-chip这项实验技术越来越多的应用在干细胞研究的领域。它除了能够发现干细胞自我更新以及分化过程中的关键转录因子之外，还能向我们展示不同基因的promotor区域关键的epigenetic修饰的变化。在对于mouse和human的体细胞reprogramming过程的机制研究中，ChIP-on-chip也同样发挥着举足轻重的作用。（从Yamanaka的iPS的文献上就可见一斑了。）
这个protocol只是ChIP-on-chip的前半部分，后面的芯片设计以及数据的处理分析都还是一个复杂的过程。但是好的开始总是成功的一半，希望它能给大家一些帮助。