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[重编程/表观遗传学] 刘实对Yamanaka"iPS"工作的评价,欢迎大家评论(转载)

本主题由 Harvey 于 2008-12-21 23:00 解除高亮
关于刘实的一些文章
http://blog.sina.com.cn/s/blog_5020416701007yyq.html

上世纪九十年代初,我在世界上首次得出细菌生命有自然的衰老与死亡这一正确认识。同时我还将这一认识升华到所有细胞都具有自然的衰老与死亡这一共性原则上。我的细胞生命学说突破了沿袭了几个世纪的“一个母细胞分裂为两个子细胞”的这一毫无根据的错误主观认识而得出“一个母细胞生殖一个或多个子细胞而自身通常还继续生存”的这一符合许多实验结果的客观结论。



在此基础上,我还据理反对主流派关于DNA/染色体在细胞分裂时是随机分配这一经典而无根据的论断。我提出DNA/染色体在细胞生殖时不仅是有规律地分配而且老DNA模板链是留在母细胞而新DNA模板链是分配到子细胞。这一远见卓识第一次将分子年龄与细胞年龄进行了有机联系。而这一联系为正确了解生物衰老与死亡的理化基础提供了指导,为深入理解DNA半保留复制的细胞生物学意义打下了基础,也为明确DNA的碱基序列(genetic信息)和DNA的碱基修饰(epigenetic信息)在整个遗传(heredity)中的相互关系指明了方向。



我的上述开拓性发现虽遭主流派反对而未能在“顶尖”杂志发表,但至少也在同行评议的科学杂志上发表了,在多个国际学术会议上展示,在“顶尖”的研究机构如美国国立卫生研究院的癌症研究所和衰老研究所做过报告,更在我所主办的新一代科学杂志上大量发表。从下面所列的一部分我的会议报告和杂志文章中,大家可看到我在上述研究领域中的绝对国际领先地位(不服者欢迎显示你的更早文章):



Liu, S. V. 1997. Continuous observation of individual development and family formation of Escherichia coli and a proposal of universal bacterial life model. Presented at the 97th General Meeting of American Society for Microbiology, Miami Beach, FL, May 4-8.

Liu, S. V. 1998. Toward a new understanding of microbial life. Presented at the 150th American Association for the Advancement of Science Annual Meeting, Philadelphia,PA, February 12-17.

Liu, S. V. 1999. Tracking bacterial growth in liquid media and a new bacterial life model. Science in China (Series C: Life Science) (English) 42:644-654.

刘实 1999. 液态培养基内跟踪细菌生长和一个新的细菌生命模式. 《中国科学》 (C卷: 生命科学) (中文) 29:571-579.

Liu, S. V. 2004. Method and apparatus for producing age-synchronized cells.  US patent US6767734B.

Liu, S. V.  2005. Debating cell-synchronization methodologies: further points and alternative answers. Trends Biotechnol 23:9-10.

Liu, S. V. 2005. Linking DNA aging with cell aging and combining genetics with epigenetics. Logical Biology 5:51-55.

Liu, S. V. 2005. A theoretical framework for understanding biotic aging from molecule to organism in multicellular life. Logical Biology 5:109-116.

Liu, S. V. 2005. Single-cell microbiology needs visions. ASM News 71:157-158.

Liu, S. V. 2006. Rectify the distorted microscopic view on life: an open letter to microbiologists. Microbe 1:1.

Liu, S. V. 2006. Revisit semi-conservative DNA replication and immortal DNA strand hypothesis. Logical Biology 6:54-61.

Liu, S. V. 2006. Towards a deep understanding of the fundamental and universal mechanism of biotic aging. Presented at the 3rd International Conference on Functional Genomics of Ageing Palermo, Sicily, Italy(意大利), March 29th – April 1st



下面是我1999年《中国科学》 (C卷: 生命科学) 中文版的最后一页.



正是在2006年意大利(Italy)的那次国际学术会议上我见到了本文的“主角”— 斯坦福的“懒惰”(Rando)教授。当时他在台上讲着他的学生的告诉他的一个让他不解的“发现”,即在干细胞分裂时DNA不是随机分配。起先他怀疑学生实验有错,因此他让学生又重复了几个月的实验。结果还是老DNA链始终在一个“子”细胞发现而新DNA链在另一个“子”细胞发现。由此,他想起了英国人“开恩”(Cairns)1975年前提出的一个假说,即有一种DNA链是不死(immortal)的,因为这些DNA会呆在原有的细胞里所以不会发生只有在DNA合成新链时才可发生的错误而导致的突变。



“懒惰”(Rando)教授发言刚一完,我就站起来给他上了一课。我告诉他,DNA不随机分配不是什么稀奇,对此现象我早有预测而且我还认为这在所有细胞的生殖中都可见到。看他迷惑不解的样子,我还特意强调这是因为老DNA链从未离开过母细胞而真正的子细胞只能得到新合成的新DNA链。我更指出英国人“开恩”的不死DNA链完全是一个误识,因为老DNA虽不会有复制中可能出现的错误,但它会发生衰老而出错。实际上老DNA由于受损的时间更长而受损的机会更多,这可能是细胞衰老的一个分子机制。



由于“懒惰”(Rando)教授对他学生的“发现”只是作为一个矛盾(Paradox)介绍,还未找出一个正确的解释,我在上午的会议结束后还专门与此“懒惰”教授交流,并邀请他看我挂在会场的“大字报”(Poster)。我告诉他我的“大字报”里已有详图描述DNA的有规律并且与细胞年龄同步化的分配,并列有具体的我的已发表文章的参考文献。他答应一定会看,他还说他是本此会议获奖“大字报”(Poster)的评委。可会议结束前的晚宴上我再问他时,他竟说没时间去看我的“大字报”。



是真没看,还是看了不认帐只有此“懒惰”教授自己知道。一个科学家在一个不大的会议上(不到200人参加)对与自己研究直接相关的而且整个会期都再挂在会场(不大,所有人都在一个古城堡里开会)的“大字报”毫无兴趣?这似乎不合常理。一个评选获奖“大字报”(Poster)的评委不看完所有的“大字报”(不多,总共才97篇)就能评出获奖“大字报”,这是一个怎么样的工作态度?这是一个怎么样的评选?再说,我的“大字报”在会议摘要书中也有,而该书是与会者人人都有的。此“懒惰”教授难道不看会议摘要书吗(只有百把页)? 难道此“懒惰”教授竟懒到在我当众给他上了一课后仍不愿“勤快”一下看我的在先发现是什么吗? 此“懒惰”教授会议期间懒到不看与己研究最有关的在先研究,难道会后也一直“忙”得没时间看会议摘要书和我列出的已发表的相关文章吗?



其实,这“懒惰”教授在开拓性科研上懒惰(所有开拓性科研都由其手下做而且看到真发现时还不敢相信)但在抄袭开拓性科研成果上却非常的勤快。



2006年意大利的那次国际学术会议后不久,该“懒惰”教授就于2007年5月在《PLoS Biology》发表了一篇轰动一时的论文描述“DNA高次数的非随机分配”。如果大家有时间可对比此文的图与我2005年发表的并又在2006年意大利国际学术会议上展示的DNA分配规律图,看有何相同或有何不同。



我的世界第一的原版DNA分配规律图



斯坦福“懒惰”教授的DNA分配规律图



我要指出的是我的原版图是黑白的,因为在2005向《自然》投稿时为了避免昂贵的彩印费而有意将原来的彩图改成了黑白图。而此“懒惰”教授的图是加了彩的(有纳税人给的研究经费付出版费吗)。另外我的DNA是画的一条(不仅是为简单扼要而且也是为能用于单倍体生物),而此“懒惰”教授却不懒地加了一条(只对双倍体生物有用)。不过此“懒惰”教授盗版并未盗到家。我的关于细胞间的家庭关系的见解和对DNA表面碱基修饰(epigenetic信息)在整个遗传(heredity)中的作用他还未盗走。倒不是他不想盗,而是他不知道这些东西盗了后往哪放。因为此“懒惰”教授对细胞生命的本质根本不懂。



不过好东西总是有人动心的。在以后的文章里我将讲述其他一些洋鬼偷窃我开拓性成果的案例。只不过这些案例正在一些未了断的诉讼之中,暂时还不便明说。



刘实

2008-01-06

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刘自己创办的杂志,可惜不是免费杂志
http://logibio.com/

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刘实世界第一的重大发现和“顶尖”杂志的所谓“第一发现”

http://im1.biz/Liu_Discovery_Chinese.htm

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不知道这个刘实和上面的刘实是不是一个人
http://www.yaoyouwei.com/smfang/Annihilatexys.html

上述提供的基本资料可能能够帮助我们认识世间的一些事情

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这个刘实是何方高人?


http://blog.sina.com.cn/s/blog_5020416701007wov.html

新到里有一篇刘实先生的文章,提到自己是Scientific Ethics杂志主编。这看起来是一本英文杂志。在美国担任科学杂志主编的华人可谓凤毛鳞角,我于是有兴趣看看这是本什么样的杂志。
进入刘先生提供的网站http://im1.biz,出版商为Truthfinding Cyberpress,旗下共有五本杂志,分别为Logical Biology、International Medicine、Scientific Ethics、Pioneer和Top Watch。

Logical Biology:主编刘实,副主编为Jing J. Zhang和Razvan T. Radulescu。编委14人,11人为华人。迄今四期,共41篇文章,总计119页,平均每篇不到3页。这41篇中有31篇作者为刘实一人,另9篇作者为Razvan T. Radulescu。

International Medicine,只有一期,6篇文章,共21页。其中刘实2篇,Razvan T. Radulescu 3篇。

Scientific Ethics,共四期,43篇文章,总计121页,所有作者均为刘实一人。

Pioneer,两期,16篇,共48页。15篇作者为刘实一人。

Top Watch,一期,8篇,共20页。作者均为刘实一人。

在google上查Truthfinding Cyberpress和刘实所声称的单位Eagle Institute of Molecular Medicine,都只得到两条结果。刘实是1983年同济医科大学的"M.D", 1993年University of Oklahoma的Ph.D。

以前只听说过郑渊洁的“童话大王”是一人主编和撰稿。刘实先生同时兼任五本“科学杂志”的主编并一人撰写绝大多数文章,难道是在给我们制造另一个童话?
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  • worm stem +1 广挖深掘 2008-4-10 15:45

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对不起,我认为cypress1975站友的辩论偏离了主题,个人认为他想表示的观点与本论题偏离方向,内容无关.在这里我们讨论的主题是:iPS细胞可能来自何种细胞?分化了的细胞到底是不是可能会发生逆分化?yamanaka的实验是否有证据支持这一点.其他的言论我认为不值得在这样一个干细胞学术网站上争论:如刘实的为人,刘实的过去以及与方舟子的所谓过节(我并不是刘实的同志及拥磊者,他的很多观点和做法我并不完全赞同,而持保留意见,但他这次对iPS细胞的指责我觉得是站得做脚的,理论上是用道理说话的,态度可能是偏激了点).因此我的提议是在以后的帖子中,我们只谈Science,谈求实,谈创新,大家一起推动干细胞研究,为生命医学科学研究添砖加瓦,干细胞可是个无价之宝,这个网站让我学到了很多知识,谢谢(再次声明纯属个人意见).

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有一个问题不知道大家是否想过,Yamanaka为什么先用皮肤来源的成纤维细胞做iPS,在此之后才用小鼠肝和胃来源的细胞重复?

难道仅仅是因为成纤维细胞比较容易得到吗?

大家可以好好思考一下这个问题!

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小鼠肝和胃来源的细胞难道就能排除成体干细胞会夹杂其中的可能干扰吗?这恰恰说明皮肤来源的成纤维细胞可能并不是iPS的来源.

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ES细胞进入生殖系,同意;
iPS细胞是否能进入生殖系,我认为目前还处于未肯定状态;
成体干细胞(包括msc)是否能进入生殖系我想同样也是处于未知状态;
这要通过移植进胚胎时期的内细胞团(ICM)中来求证,至于要问这两类细胞(iPS和成体干细胞)是否能真的进入生殖系,目前只能说不确定.所以要认定iPS是否真的比msc幼稚,这一点我不能苟同,也许可以认同的一点是iPS细胞与成体干细胞可能具有相同的特性(个人意见).

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提一个问题供各位讨论:用Yamanaka发现的那四个基因直接转染在市场上可以买到的成纤维细胞系,会得到什么结果?(包括其他各种细胞系,最好是认为肯定已有分化的细胞系,经典的肿瘤细胞系也可以).各位如果有条件不妨做做看,尝试创造奇迹.会有可能吗?欢迎讨论

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引用:
iPS细胞是否能进入生殖系,我认为目前还处于未肯定状态;
Okita K, Ichisaka T, Yamanaka S.
Generation of germline-competent induced pluripotent stem cells.
Nature. 2007 Jul 19;448(7151):313-7. Epub 2007 Jun 6.
PMID: 17554338
引用:
提一个问题供各位讨论:用Yamanaka发现的那四个基因直接转染在市场上可以买到的成纤维细胞系,会得到什么结果?
Human newborn foreskin fibroblasts (ATCC, Catalog No. CRL-2097)

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引用:
原帖由 wangchongrong 于 2008-4-10 19:13 发表
ES细胞进入生殖系,同意;
iPS细胞是否能进入生殖系,我认为目前还处于未肯定状态;
成体干细胞(包括msc)是否能进入生殖系我想同样也是处于未知状态;
这要通过移植进胚胎时期的内细胞团(ICM)中来求证,至于要问这两类细 ...
还是多看看文献吧,我看了你发的帖子,真的感觉你还要补补功课哦!iPS不是拿来炒作的!也许你仔细读了paper,亲自做了试验,才能有更深入的思考和体会!

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对不起,我原意并没有否定iPS细胞不能进入生殖系,对不对.OK,暂且承认并且同意iPS细胞能进入生殖系,那有谁能告知是否有paper证明成体干细胞不能进入生殖系.指教为盼!不然还是没法说明谁是更幼稚的啊?生命的复杂程度超过想象,对干细胞来说也是这样,在目前面对他的时候,我们也许还是naive水平,都需要不断的补功课,对真理的渴求才使我们在这里讨论并求证,是不是?干细胞已经够伟大了,不需要还用的着谁来炒作!
新生儿包皮成纤维细胞与成体成纤维细胞有本质区别吗?最后,允许我再次引用Yamanaka在他的paper中反复重复说的一句话: the origin of iPS cells maybe originate from tissue stem or progenitor cells coexisting in the fibroblast  culture.谢谢

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2008年4月18日发表于Cell(《细胞》)的一篇iPS 细胞论文, 作者Jaenisch等写道:
"as albumin gene expression marks heterogeneous cells populations in the liver in addition to hepatocytes, including oval cells that play an important role in liver regeneration and might serve as adult liver stem cells, the question of reprogramming terminally differentiated cells remains unresolved."

这段话是直接针对Yamanaka今年2月14日Science(《科学》)论文的下面一段说法而言的:
"iPS-Hep cells were derived from hepatocytes or other albumin-expressing cells, nut not from undifferentiated cells that do not express albumin. "
此外Jaenisch等还写道:
"We failed to generate any reprogrammed AP+ colonies from mature spleen B cells or bone marrow derived lgk+ cells in 3 independent experiments [with the original four transcription factors]." (转载自刘实Blog)

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刘应该尊重外国的名字,那样翻译的话,他自己岂不是叫牛屎?

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